BETICO dans son organisation interne est structuré en 3 départements interdépendants qui sont :

le département Etudes & Contrôle, le département Informatique et Calcul et le département Topographie.
Ces 3 départements sont supervisés par une direction générale qui coordonne les différentes phases de déroulement d'un projet.

ETUDES & CONTROLES : Intervenant du début jusqu'à la fin des projets, ce département composé essentiellement d'ingénieurs hydrauliciens et de Génie Rural a pour tâches entre autres : l'élaboration du Dossier de Soumission ; l'élaboration de l'APS ; l'élaboration de l'APD ; l'élaboration du DCE ; le contrôle et la surveillance des travaux. A partir du siège, ce département travaille en étroite collaboration avec les équipes topographiques sur le terrain et appui la mission de contrôle et surveillance des travaux en cours.
INFORMATIQUE & CALCUL : Chargé de la gestion du parc informatique, de la production et de la reproduction de documents et pièces graphiques, ce département conçoit, calcule et dimensionne les ouvrages. Il supervise l'ensemble des calculs des autres départements.
BETICO dispose aussi d'une cellule S.I.G (Système d'Information Géographique)

TOPOGRAPHIE : Vraie cheville ouvrière de l'équipe BETICO, ce département dispose de matériels topographiques les plus récents et bénéficie de stage à l'étranger